Kuantitas dan kualitas hasil ekstraksi DNA dari jaringan FFPE sangat tergantung dari proses awal yang harus dilakukan
pada sampel sebelum masuk kedalam tahapan ekstraksi DNA. Proses awal yang sangat menentukan keberhasilan
ekstraksi DNA ini adalah proses deparafinisasi, yaitu proses penghilangan parafin jaringan dari parafin. Penelitian ini
bertujuan untuk membandingkan kualitas DNA yang diambil dari sampel arsip FFPE (Formalin-fixed paraffinembedded tissue) dengan metode deparafinisasi menggunakan xylene dan mineral oil di RSUP Dr. Mohammad Hoesin
Palembang. Sebanyak 16 sampel arsip FFPE diambil dari Laboratorium Patologi Anatomi RSUP dr. Mohammad
Hoesin Palembang. Seluruh sampel kemudian dibagi menjadi 2 bagian sama rata kemudian dilakukan proses
deparafinisasi menggunakan xylene dan mineral oil. DNA yang telah diisolasi akan diuji kuantitasnya menggunakan
spektrofotometer dengan panjang gelombang 260nm. Uji kualitas akan dilakukan dengan menghitung OD Ratio
260nm:280nm. Selain itu DNA juga akan diamplifikasi lalu dilakukan visualisasi dengan sinar UV. Konsentrasi yang
didapatkan kemudian diuji dengan uji Wilcoxon dan menunjukkan adanya hubungan signifikan antara metode
deparafinisasi dan konsentrasi yang didapat (P=0.036). Primer beta-actin (524bp)tidak ditemukan potongan gen yang
diinginkan setelah elektroforesis, kemudian diuji dengan primer Mitin (142bp) menunjukan potongan gen yang
diinginkan pada saat elektroforesis dan visualisasi UV.Terdapat hubungan yang signifikan antara metode deparafinisasi
FFPE dengan kuantitas dan kualitas DNA yang didapat.